Çok basit bir mimariye sahip olan caminin olduğu noktada, bazı biliminsanların iddiasına göre eskiden bir kıpti kilisesi harabesi bulunmaktaydı. 1672'de Mısır'a giden Evliya Çelebi de bu rivayeti aktarmakta ve buna ek olarak burada bir Rum kilisesi de bulunduğunu aktarmaktadır. Kindî’nin yazdığına göre, Halife Muâviye’nin isteğiyle Mısır Valisi Mesleme, 673 yılında ilk camiyi yıktırarak doğu ve kuzey tarafından daha geniş olarak yaptırmış, Makrizî’ye göre dört köşesine dört minare ilâve ettirmiştir. Bunların İslâm sanatında ilk minareler olduğu kabul edilmektedir.
